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Importation des résistances

Module : Résistances

Préparation du fichier

Sont incluses dans ce fichier, toutes les bactéries issues de prélèvements à visée diagnostique (diagnostic individuel, positif et étiologique des pathologies infectieuses) et accompagnées d'un antibiogramme.

La première ligne du fichier doit correspondre aux en-têtes des colonnes. Supprimez toute ligne présente au-dessus, même si elle est vide.

 

  • Colonne A : code UF

Les codes UF sont communs à l'ensemble de vos fichiers (structure, journées d'hospitalisation, consommation d'antibiotiques et résultats bactériologiques). Vous pouvez les retrouver dans l'onglet «Contrôles» puis «Unités fonctionnelles».

Les UF doivent correspondre à des UF d’hospitalisation complète, de semaine, de bloc opératoire.
Retirez les consultations externes, centre prélèvement, service d’accueil des urgences, contrôles qualité interne et externe, centre mucoviscidose.

 

  • Colonne B : n° d'identification du patient

Le numéro identifiant le patient (IPP par exemple) est nécessaire au dédoublonnage. Ce numéro doit être le même pour un patient sur la période d’importation (trimestre ou année selon le cas). Il est immédiatement anonymisé après le dédoublonnage.

Aucun prénom ni nom ne doit figurer dans le fichier.

 

  • Colonne C : âge du patient

Deux formats sont acceptés : date de naissance (JJ/MM/AAAA) ou âge en années (XX).
 

  • Colonne D : date d'admission du patient

Format JJ/MM/AAAA. Cette donnée est facultative. Si vous ne possédez pas cette information, laissez la colonne vide (ne la supprimez pas).
 

  • Colonne E : date de prélèvement

Format JJ/MM/AAAA.
 

  • Colonne F : nature du prélèvement

Les prélèvements sont classés en 15 catégories (liste). Conservez bien les dénominations propres au laboratoire. Vous effectuerez les correspondances sur ConsoRes, lors de l'import de votre fichier.

Eliminez les prélèvements de dépistage (coproculture, prélèvement de nez et gorge à la recherche de colonisation).
Par exemple pour les coprocultures, ne gardez que les bactéries entéropathogènes (Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia enterolitica, Clostridium difficile/perfringens, Vibrio cholerae/paraheamoliticus, Klebsiella oxytoca, Plesiomonas shigelloides, Aeromonas, Arcobacter).

 

  • Colonne G : espèce bactérienne identifiée

Liste des bactéries recueillies. Conservez bien les dénominations propres au laboratoire. Vous effectuerez les correspondances sur ConsoRes, lors de l'import de votre fichier.
 

  • Colonnes H, I et J : phénotypes de résistance

La présence des phénotypes BLSE (colonne H), céphalosporinase déréprimée/haut niveau (colonne I) et carbapénémase (colonne J) est à renseigner pour toutes les entérobactéries. 
> Présence :
lettre "O" dans la cellule (attention à ne pas inscrire le chiffre "0")
> Absence : case vide

Lors de l'import de votre fichier dans ConsoRes, une question vous sera posée afin de savoir si les phénotypes ont été mentionnés par le laboratoire.
 

  • Colonne K à ... : antibiotiques testés

Le nombre de colonnes n'est pas limité. Aucun ordre précis n'est à respecter (pas de classement par famille d'antibiotiques par exemple). Conservez bien les dénominations propres au laboratoire. Vous effectuerez les correspondances sur ConsoRes, lors de l'import de votre fichier.

Quelque soit la technique utilisée pour la détermination de la sensibilité/résistance d'une souche, il convient de conserver le résultat le plus pertinent.
Dans votre fichier, une seule colonne par antibiotique doit être présente (si nécessire, il faut fusionner les colonnes en amont de l'importation dans ConsoRes).

Les résultats aux molécules testées sont renseignés S, I ou R.

Rq : Les correspondances des antibiotiques, bactéries et sites de prélévement seront mémorisées suite à la 1ère importation de votre fichier. Elles ne vous seront plus demandées lors des importations suivantes.

Importation du fichier

Sélectionnez le type de laboratoire.

 

En cas d'import annuel des données, ou lors du 4ème trimestre de l'année (en cas d'import trimestriel), deux questions supplémentaires vous seront posées :

    - Nombre de sets (= paires) d'hémocultures réalisées au cours de l'année   écoulée

    - Version du référentiel du CA-SFM/EUCAST utilisé


Par exemple, si le laboratoire n'a pas mentionné la présence éventuelle de carbapénémase, indiquez «Non» face à la question «Phénotype carbapénémase». Attention, la colonne J (carbapénémase) doit quand même être présente dans votre fichier, même si elle est vide.

Il est possible que vous ayez des correspondances à établir, lorsqu'un antibiotique, bactérie ou site de prélévement, n'est pas reconnu. Vous devrez effectuer la correspondance à partir des menus déroulants proposés.

Ces correspondances seront alors mémorisées et ne vous seront plus demandées.

Ensuite les lignes seront contrôlées et vous aurez à corriger ou retirer les potentielles incohérences rencontrées.

Le dédoublonnage des données se fait en temps réel. Cette étape peut prendre plusieurs minutes pour les fichiers de taille conséquente.

Un mail vous est envoyé lorsque votre fichier a été intégré dans ConsoRes. Le délai de réception du mail varie selon la volumétrie de votre fichier.

Une fois le fichier importé, vous pouvez visualiser les données intégrées.
Chemin : Onglet «Données», puis «Récapitulatif des saisies»

Modification du nombre de sets d'hémocultures ou de la version du référentiel

En cas de saisie incorrecte de ces informations, il est possible de les corriger (possible uniquement pour les profils référent/gestion).
Chemin : Onglet «Contrôles», puis «Laboratoires»